Theo cũng tại trả lời Công văn số 10918/BTC-CST của Bộ Tài chính về việc đề nghị góp ý Dự thảo Nghị định quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (Dự thảo), bên cạnh một số góp ý về các quy định, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cũng cho rằng, cần bổ sung thêm quy định để giải quyết những vướng mắc đang tồn tại.
Cụ thể, về vướng mắc liên quan đến kê khai tính thuế GTGT, theo phản ánh của doanh nghiệp, trên thực tế khi kê khai tính thuế GTGT đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản có chuyển nhượng quyền sử dụng đất, đặc biệt là trường hợp đất chưa có cơ sở hạ tầng vẫn tồn tại một số vướng mắc do giá đất thay đổi giữa thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất và thời điểm chuyển quyền sử dụng đất.
Ví dụ: khi nhận quyền sử dụng đất năm 2005 thì doanh nghiệp chỉ trả giá đất tại thời điểm nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất là 20 triệu đồng/m2. Năm 2022, doanh nghiệp chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho tổ chức, cá nhân khác theo giá đất tại thời điểm chuyển nhượng quyền sử dụng đất năm 2022 là 30 triệu đồng/m2. Theo quy định, giá đất được trừ khi tính thuế chỉ là 20 triệu đồng/m2, vì vậy, bên chuyển nhượng phải xuất hóa đơn GTGT và kê khai tính nộp thuế GTGT cho phần chênh lệch 10 triệu đồng/m2 x với diện tích đất chuyển nhượng và thuế suất 10%.
Theo VCCI, trong trường hợp này bên chuyển quyền sử dụng đất vẫn kê khai nộp thuế đầu ra nhưng bên nhận chuyển nhượng không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào vì quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Đề nghị Ban soạn thảo bổ sung quy định giải quyết cho trường hợp này.
Bên cạnh đó, về áp dụng thuế GTGT đối với dịch vụ xuất khẩu, theo phản ánh của doanh nghiệp, Hiệp hội doanh nghiệp, việc áp dụng thuế GTGT đối với dịch vụ xuất khẩu vẫn còn phát sinh bất cập, vướng mắc đối với việc xác định dịch vụ xuất khẩu. Quy định hiện hành vẫn chưa hướng dẫn rõ một số trường hợp đặc thù của dịch vụ xuất khẩu, bao gồm: Các dịch vụ cung cấp cho tổ chức nước ngoài liên quan đến hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu.
Ví dụ như: quản trị sản xuất theo tiêu chuẩn của hàng hóa/đơn đặt hàng; hướng dẫn sản xuất tiêu chuẩn của hàng hóa/đơn đặt hàng, kiểm tra chất lượng hàng hóa trước khi xuất khẩu,…
Hay các dịch vụ của doanh nghiệp Việt Nam cung cấp cho tổ chức nước ngoài và thay mặt tổ chức nước ngoài thực hiện trong khu vực phi thuế quan (ví dụ: kho ngoại quan, doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất).
Do vậy, VCCI đề nghị Ban soạn thảo xem xét bổ sung hướng dẫn các dịch vụ trên được xác định là dịch vụ xuất khẩu, áp dụng thuế suất GTGT 0%.
Ngoài ra, về xử lý thuế GTGT khi điều chuyển tài sản cho chi nhánh hạch toán phụ thuộc.
Theo VCCI, hiện nay, các quy định về thuế GTGT không có quy định về xử lý thuế GTGT khi điều chuyển tài sản cho chi nhánh hạch toán phụ thuộc. Phụ lục 4 Thông tư 39/2014/TT-BTC có quy định về vấn đề này nhưng ở khía cạnh hóa đơn, chứng từ, tuy nhiên, Thông tư 78/2021/TT-BTC đã bãi bỏ các hướng dẫn tại Thông tư 39/2014/TT-BTC và không có hướng dẫn về vấn đề này.
Vì vậy, VCCI đề nghị Ban soạn thảo bổ sung quy định hướng dẫn việc xử lý thuế GTGT khi điều chuyển tài sản cho chi nhánh hạch toán phụ thuộc.